Fonologi bahasa-bahasa Austronesia tergolong sederhana. Para penutur bahasa ini biasanya tidak suka akan suku-suku kata tertutup dan menghindari gugusan-gugusan konsonan. Terdapat beberapa bahasa yang mempunyai gugusan-gugusan konsonan namun ini merupakan pengaruh daripada bahasa-bahasa lain terutamanya daripada bahasa Arab, bahasa Sanskrit, dan bahasa Indo-Eropah.

Beberapa bahasa turut meminjam fonem-fonem retrofleks daripada bahasa Sanskrit iaitu bahasa Jawa dan bahasa Madura. Bahkan bahasa Madura juga memiliki fonem-fonem berhembus (aspirata) yang kemungkinan juga berasal daripada bahasa Sanskrit. Meskipun begitu, banyak pakar yang menentang bahawa fonem-fonem ini dipinjam daripada bahasa Sanskrit. Mereka berpendapat fonem-fonem ini telah berkembang dengan sendirinya.